CYGNUSとは、北海道新幹線で使用されている列車運行システム「北海道新幹線総合システム」の英語名"Computer system for signal control and useful maintenance of Hokkaido Shinkansen"の略称を指します。この列車運行システムは、北海道新幹線の他に、海峡線も管理しています。JR東日本の新幹線で使用されている列車運行システム「COSMOS」と連携すること、北天の代表的な星座「はくちょう座」の英名が「cygnus」であること、北海道新幹線開業以前に海峡線を特急「スーパー白鳥・白鳥」が走行していたことから命名されたとのことです(参照:北海道新幹線開業に向けた「地上設備最終切替」の「事前確認」に伴う元日にかけての津軽海峡線の全面運休について)。一方で、traffic Control sYstem（運行管理システム）、standard and narrow Gauge（標準軌・狭軌）、North of earth（北の大地）、United of operation and maintenance（保守運用の統合）、hokkaido Shinkansen（北海道新幹線）という、北海道新幹線に関連したキーワードから文字を取ったものとも捉えられます(参照:新幹線ネットワークの拡充と円滑な相互直通列車の 運行を実現する新幹線運行管理システムの開発)。